No ano letivo de 2012/2013, o Colégio de São José rompeu com o processo de ensino centrado no professor, para abraçar um paradigma de ensino-aprendizagem centrado no aluno.
O modelo pedagógico está assente em quatro pilares, cujo objetivo é dar asas aos seus alunos, para VOAR – Vinculações, Ousadia/Empreendedorismo, Autonomia e Responsabilidade.
As relações são um dos pontos essenciais e o laço entre os educandos e os educadores é uma das prioridades do Colégio. Além destas, as relações com os pais e a comunidade que rodeia os alunos são privilegiadas, criando-se parcerias que em conjunto trabalham para o bem-estar e o sucesso das crianças.
Em 2020, o Colégio tornou-se uma Academia Gulbenkian do Conhecimento, de forma a poder verificar cientificamente o impacto da metodologia Voar.