Le collège Clisthène est un lieu d'apprentissage concret et appliqué de la démocratie. Des temps de bilan avec une présence de tous les élèves, des conseils de classe ouverts à tous les collégiens ou encore la participation aux décisions portant sur la vie du collège font que les élèves expérimentent au quotidien la démocratie.
Le collège met également en avant les apprentissages interdisciplinaires et le travail en coopération sur des projets scolaires ou extrascolaires, avec des actions solidaires. Cela a nécessité un réorganisation des temps scolaires, qui sont adaptés aux adolescents (temps d'accueil quotidien, temps d'aide au travail, etc.), mais aussi une modification de l'évaluation afin de juger les compétences transversales et sociales nouvellement développées.
Voici un déroulement d’un conseil de classe à Clisthène: