Em 1956, nasce a primeira Escola Isolada da Vila Indiana, situada na rua Corinto, em São Paulo (SP). Sua primeira organizadora foi a professora Yolanda Limongelle. Antes de se chamar EMEF Desembargador Amorim Lima, a escola teve ainda os seguintes nomes: Escolas Reunidas de Vila Indiana e Escola Agrupada Municipal de Vila Indiana. Em 1968, ganhou o endereço de hoje, no Butantã, zona oeste da capital paulista.
Foi, a partir de 1996, com a chegada da atual diretora Ana Elisa Siqueira, que a escola passou a viver suas transformações mais profundas. Preocupada com a alta evasão escolar — e ciente do triste fim que vinham a ter os alunos evadidos, visto que, para muitos, a escola era seu único vínculo social concreto —, o primeiro esforço da nova diretoria foi no sentido de manter os alunos na escola durante o maior tempo possível. Naquele momento, a escola decidiu derrubar os alambrados que impediam a circulação no pátio, num voto de respeito e confiança. O espaço, que passou a ser aberto aos fins de semana, foi significativamente melhorado, tornando-se um local agradável e voltado à convivência. A escola foi, enfim, aberta à comunidade.
Em 2003, a Amorim Lima entrou em contato com a pedagogia da Escola da Ponte de Portugal, através de uma consultoria com a psicóloga Rosely Sayão, iniciando o processo de maior transformação na pedagogia da escola. Naquele ano, as paredes das salas de aula foram derrubadas e, em seu lugar, formaram-se grandes salões de aprendizagem.
Desde então, o aluno tem a oportunidade de se desenvolver em um Projeto Pedagógico bastante diferente do que se conhece nas escolas públicas tradicionais. A Amorim Lima visa um compromisso coletivo em que seus agentes se engajem no processo de aprimoramento cultural e pessoal de todos, de forma integral, e na construção de uma intencionalidade educativa clara e compartilhada.